Das Megara-Museum stellt Objekte aus den Ausgrabungen des 3. Überwachungsbehörde für Vorgeschichtliche und Klassische Altertümer in der Stadt Megara und der näheren Umgebung aus. Die Funde decken den Zeitraum vom 8. Jahrhundert v. Chr. bis zum 2. Jahrhundert n. Chr. ab. Der Zweck der Einrichtung bestand darin, einen Teil der Funde aus der archäologischen Sammlung von Megara zu beherbergen und eine kleine Kulturquelle am Rande des westlichen Attika zu bilden. Die Ausstellung ist im alten Rathaus untergebracht, einem Gebäude aus dem 19. Jahrhundert. Es handelt sich um ein zweigeschossiges Gebäude mit vier Ausstellungsräumen.
Die Marmorfunde werden im Erdgeschoss des Gebäudes präsentiert. Monumentalskulpturen und Votivreliefs werden in Saal A ausgestellt, begleitet von Informationen aus der Ausgrabungsforschung und literarischen Quellen über die Monumentalskulptur und Reliefs von Megara von der archaischen bis zur römischen Epoche. Der Sieg von Megara, eine Kopie eines Stichs aus dem Jahr 1847, wird ebenfalls in einer gestalterischen Darstellung präsentiert. Im Raum B befinden sich Inschriften, die Auskunft über das öffentliche Leben der klassischen Zeit geben, sowie Grabsteine aus der klassischen, hellenistischen und römischen Zeit. Sie werden von entsprechenden Texten und Fotos begleitet. Im Saal C im ersten Stock werden ausgewählte Objekte aus Grabbeigaben aus dem 8. bis 1. Jahrhundert v. Chr. ausgestellt. Umrahmt werden sie von Anschauungsmaterial, Fotografien, Zeichnungen und Texten zur Stellung der antiken Friedhöfe in der Topografie der modernen und antiken Stadt und zu den Bestattungssitten. Im Saal D werden Gegenstände des täglichen Lebens in der Antike ausgestellt, hauptsächlich Ton- und Bronzegegenstände. Von besonderem Interesse ist die Hinterlegung eines archaischen Heiligtums am Standort Bouri in Alepochori. Von den zahlreichen Funden des Heiligtums werden einige repräsentative Proben des Kultes und der lokalen Töpferwerkstatt, deren Produkte sie sind, ausgestellt. Die Ausgrabung wird mit Hilfe von Bildmaterial, das die Vitrine mit den Exponaten des Heiligtums einrahmt, prägnant dargestellt. Im Innenhof des Museums sind Inschriften, Statuensockel und architektonische Elemente aus verschiedenen Epochen ausgestellt.