Der Komplex des Klosters Myrtidion besteht aus:
a) das Katholikon im Zentrum, das zum Typus der dreischiffigen Basilika mit Hochschiff, Narthex und Obergemach (Frauenschiff) gehört, in dessen unterem Bereich sich die ursprüngliche Marienkirche befindet,
(b) Nördlich und südlich des Katholikon angeordnete Zellen, in denen hauptsächlich Gläubige für das Fasten der ersten 15 Tage im August untergebracht sind
c) Der Glockenturm im Nordosten des Katholikon, aus Kalkstein, mit einer Gesamthöhe von 26 m., mit beeindruckenden Bogenformationen an den Fronten der vier Stockwerke,
d) Kirchenschiff der Heiligen Dreifaltigkeit, einräumig, architektonisch überdacht, aus nachbyzantinischer Zeit.
Die ursprüngliche Panagia-Kirche wurde an die natürliche Konfiguration einer Felsöffnung angepasst, in der sich im Norden eine flache Nische befindet, in der die Ikone der Panagia Myrtidiotissa untergebracht ist, ein Ort, der uns an ihre Entdeckung erinnert. Während der Jahre der Piratenüberfälle wurde die Ikone aus Sicherheitsgründen in der Festung der Stadt Kythera im gleichnamigen Tempel aufbewahrt. Der wichtigste religiöse Brauch der Kytherier ist die Prozession am Sonntag der Orthodoxie von Myrtidia nach Chora. Die Prozession der Ikone dauert 15 Tage, führt durch die meisten Dörfer der Insel und endet in Chora. Viele Gläubige folgen der Ikone während ihrer Prozession an allen 15 Tagen! Panagia Myrtidiotissa wird am 24. September gefeiert, dem Tag der Entdeckung der Ikone.