Το 1979 ο Παντελής Κουντουριώτης, απόγονος του Υδραίου πρόκριτου Λαζάρου Κουντουριώτη, κληροδοτεί στο Εθνικό Ιστορικό Μουσείο (που στεγάζεται μόνιμα στο Μέγαρο της Παλαιάς Βουλής στην Αθήνα) το οικογενειακό του αρχοντικό στην Ύδρα με προοπτική να λειτουργήσει ως Μουσείο. Ύστερα από πολύχρονες εργασίες αποκατάστασης και συντήρησης, από το καλοκαίρι του 2001 η ιστορική οικία είναι ανοιχτή για το κοινό και λειτουργεί ως παράρτημα του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου. Περίοδος λειτουργίας: τέλη Μαρτίου – τέλη Οκτωβρίου.
Ο Λάζαρος Κουντουριώτης (1769-1852) υπήρξε σημαντική πολιτική φυσιογνωμία τόσο στα προεπαναστατικά χρόνια όσο και κατά τη διάρκεια του Αγώνα της Ανεξαρτησίας. Η προσφορά του με τον πλούτο του, τις πολιτικές του ικανότητες και την επιβολή του στους Έλληνες πολιτικούς και στρατιωτικούς ηγέτες ήταν τεράστια. Αναμείχθηκε νωρίς στα δημόσια πράγματα του τόπου του, επιδεικνύοντας διοικητικές ικανότητες. Μαζί με τον αδελφό του Γεώργιο Κουντουριώτη στήριξε τον Αγώνα της Ανεξαρτησίας με όλες του τις δυνάμεις, τόσο με σημαντικές οικονομικές προσφορές όσο και με τη συμμετοχή των πλοίων της οικογένειας στις πολεμικές ναυτικές ελληνικές επιχειρήσεις. Αν και δεν πολιτεύτηκε ποτέ, παρά τις προτάσεις που του έγιναν, διαδραμάτισε σημαντικό ρόλο στις πολιτικές εξελίξεις του Αγώνα και, χάρη στον προσηνή χαρακτήρα του, απολάμβανε την εκτίμηση των συμπατριωτών του και όλων των Ελλήνων. Κατά την καποδιστριακή περίοδο (1828-1831) ο Ιωάννης Καποδίστριας τον διόρισε προσωρινό διοικητή της Ύδρας ως «πρώτο των προκρίτων», ενώ το 1844 ο Όθων τον διόρισε γερουσιαστή, αξίωμα που διατήρησε μέχρι τον θάνατό του.
Η οικία του Υδραίου πρόκριτου Λαζάρου Κουντουριώτη, χτισμένη στα τέλη του 18ου αιώνα, την εποχή της ναυτικής ακμής του νησιού, δεσπόζει στη δυτική πλευρά του όρμου της Ύδρας. Στο αρχοντικό της σημαντικής αυτής πολιτικής φυσιογνωμίας της νεότερης Ελλάδας έγιναν σημαντικές διαβουλεύσεις για θέματα της Επανάστασης του 1821 και φιλοξενήθηκαν σημαίνουσες συναντήσεις.
Η Ιστορική και Εθνολογική Εταιρεία της Ελλάδος, πιστή στην επιθυμία των δωρητών και αναγνωρίζοντας την αξία του αρχοντικού Κουντουριώτη μέσα στην υδραίικη οικιστική και ιστορική ιδιαιτερότητα, διατήρησε αναλλοίωτα όλα τα ιστορικά και αρχιτεκτονικά του στοιχεία και διαμόρφωσε επισκέψιμους εκθεσιακούς χώρους. Ο όροφος παρουσιάζεται όπως τον είχε βιώσει ο τελευταίος απόγονος της οικογένειας και δωρητής Παντελής Κουντουριώτης, με έπιπλα, σκεύη, ζωγραφικούς πίνακες και προσωπικά αντικείμενα της οικογένειας Κουντουριώτη. Στον άνω όροφο εκτίθεται αξιόλογη συλλογή του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου (παραδοσιακές ενδυμασίες, κοσμήματα, διακοσμητικά και χρηστικά αντικείμενα) με αναφορά κυρίως στη νησιωτική παραδοσιακή τέχνη. Στο ισόγειο, στα παλιά κελάρια του σπιτιού που έχουν κατάλληλα διαμορφωθεί, εκτίθενται μόνιμα πίνακες δύο καταξιωμένων στην Ελλάδα και το εξωτερικό ζωγράφων, του Περικλή Βυζάντιου (1893-1972) και του γιου του Κωνσταντίνου Βυζάντιου (1924-2007), οι οποίοι συνδέονται με στενούς οικογενειακούς δεσμούς με την οικογένεια Κουντουριώτη.