Το συγκρότημα της Μονής Μυρτιδίων αποτελείται από:
α) το Καθολικό στο κέντρο που ανήκει στον τύπο της τρίκλιτης βασιλικής με υπερυψωμένο το κεντρικό κλίτος, νάρθηκα και υπερώο (γυναικωνίτης), στο κατώτερο επίπεδο του οποίου βρίσκεται o αρχικός ναός της Παναγίας.
β) Κελιά που διατάσσονται βόρεια και νότια του Καθολικού, στα οποία φιλοξενούνται κυρίως πιστοί για τη νηστεία των πρώτων 15 ημερών του Αύγουστου.
γ) Κωδωνοστάσιο στα ΒΑ του Καθολικού, από πωρόλιθο, συνολικού ύψους 26 μ., με εντυπωσιακούς τοξοειδείς σχηματισμούς στα μέτωπα των τεσσάρων ορόφων.
δ) Ναΐδιον της Άγιας Τριάδος, μονόχωρο καμαροσκεπές, μεταβυζαντινών χρόνων.
Ο αρχικός Ναός τής Παναγίας έχει προσαρμοσθεί στη φυσική διαμόρφωση βραχώδους ανοίγματος στο οποίο υπάρχει αβαθής κόγχη στα βόρεια για τη φιλοξενία της εικόνας της Παναγίας Μυρτιδιώτισσας, χώρος που υπομνηματίζει στην εύρεσή της. Στα χρόνια των πειρατικών επιδρομών, η εικόνα για λόγους ασφαλείας φυλασσόταν στο φρούριο της πόλεως των Κυθήρων στον ομώνυμο ναό. Το κορυφαίο θρησκευτικό έθιμο των Κυθήριων είναι η λιτάνευση κατά την Κυριακή της Ορθοδοξίας από τα Μυρτίδια στη Χώρα. Η περιφορά της εικόνας διαρκεί 15 ημέρες, περνώντας μέσα από τα περισσότερα χωριά του νησιού καταλήγοντας στη Χώρα. Πολλοί πιστοί ακολουθούν την εικόνα κατά την περιφορά της και τις 15 μέρες! Η Παναγία Μυρτιδιώτισσα γιορτάζει στις 24 Σεπτεμβρίου, ημερομηνία ευρέσεως της εικόνας.