Die Krypta von Agia Philothei ist eine natürliche, kleine Höhle, die die Tochter der damals bekannten athenischen Familie, Rigoula Benizelou, in eine kleine Kirche zum Beten verwandelte. Rigoula Benizelou lebte im 16. Jahrhundert, während der Zeit der türkischen Besatzung, und nach ihrem Märtyrertod wurde sie von der Kirche als Heilige mit dem Namen Heilige Filothei geehrt.
Die Krypta wurde 1934 zufällig bei Steinbrüchen entdeckt. Langsam nahm es seine heutige Form an, während festgestellt wurde, dass es über einen unterirdischen Tunnel mit dem Klostergut von Kalogreza kommunizierte, die sie auf ihrem Familienanwesen gegründet hatte. Die Entdeckung der Krypta war der Grund für die Umbenennung der damaligen Siedlung Nea Alexandria in Filothei.