Das Heiligtum der ägyptischen Götter wurde von Herodes Atticus auf der Südseite von Marathon in Mikro Elos auf einem kleinen Felsvorsprung in der Mitte des Sumpfgebiets gegründet, wo sich auch ein Badekomplex befand. Es besteht aus einem rechteckigen Raum des Hauptheiligtums im Westen und einem kleineren Raum des Eingangs im Osten. Das Hauptheiligtum umschließt einen rechteckigen Bereich mit vier Eingängen, einer in der Mitte jeder Seite. Die Eingänge, die ägyptischen Säulen nachempfunden sind, bestehen aus einer Schwelle und zwei rechteckigen Türmen, zwischen denen Marmorstufen erhalten sind.
Auf der Außen- und Innenseite jeder Säule flankierten zwei übermenschlich große Statuen auf Sockeln die Öffnung des Heiligtums. Eine davon war männlich, in der Art von Statuen der Pharaonen, die andere weiblich. Die Göttin Isis wird in verschiedenen Formen dargestellt, als Demeter mit Maiskolben oder als Aphrodite mit Rosen. Erhalten sind drei Statuenpaare, die im Archäologischen Museum von Marathon ausgestellt sind, ebenso wie ihre Sockel. Nachbildungen der Statuen wurden auf ihren jeweiligen Sockeln platziert.
Von den vier Säulen führen gepflasterte Straßen in die Mitte des Heiligtums, das in einem rechteckigen Herrenhaus eine abgestufte Struktur einnimmt. Der Damm ist von einem Korridor umgeben. Die gepflasterten Straßen endeten an der Außenseite des Korridors in einer erhöhten Plattformkonstruktion, zu der man über eine Leiter hinaufstieg. Rechts und links der Plattformen befindet sich ein Raum, der wahrscheinlich ein Nebenraum des Heiligtums war. In zwei der Räume wurden eine Marmorstatue der ägyptischen Sphinx der Isis, übergroße Lampen mit Reliefs von Sarapi und Isis sowie Marmorfalken als Symbol für den Gott Horus gefunden.
Außerhalb der östlichen Säule bildet sich ein großer Innenhof, der von einem monumentalen Propylon auf der Ostseite gegenüber der Säule zugänglich ist. Der Innenhof ist auf drei Seiten von einem Portikus umgeben. Nach Süden hin sind Nebenräume geöffnet. Das Zentrum der Anbetung scheint der Stufenbau gewesen zu sein. Einer Inschrift zufolge könnte das Heiligtum Sarapi geweiht gewesen sein, einer hellenisierten Form des ägyptischen Gottes Osiris. Isis, die Gefährtin des Osiris, hatte eine dominierende Stellung, während ihr Sohn Horus verehrt wurde. Die Verehrung der ägyptischen Gottheiten wurde ab den letzten Jahrzehnten des 4. Jahrhunderts v. Chr. im griechischen Raum allmählich übernommen und gewann stetig an Bedeutung.