Η περιοχή χαρακτηρίζεται ως Τοπίο Ιδιαίτερου Φυσικού Κάλλους και προστατεύεται σε έκταση 171 εκταρίων, συνολική περίμετρο 6,6 χιλ., με μέγιστο υψόμετρο τα 400 μ. και ελάχιστο τα 133 μ. Η τοπική Κοινότητα Μυλοποτάμου περιλαμβάνει 4 οικισμούς (τον Μυλοπόταμο, την Κάτω Χώρα, το Πίσω Πηγάδι, τους Αρέους). Είναι παραδοσιακό χωριό με πλούσια βλάστηση και πολλά νερά. Ο οικισμός του Μυλοπόταμου βρίσκεται σε απόσταση από τη θάλασσα και αποτελείται κυρίως από λαϊκά-αγροτικά σπίτια, που λόγω της μεγάλης πυκνότητας δόμησης δημιουργούσαν ένα πολύπλοκο σύνολο. Ο οικισμός συνδυαζόταν με τείχος. Τα σπίτια του έχουν μορφολογική ομοιογένεια, που δίνει στον οικισμό ένα ιδιαίτερο χρώμα. Τα λαϊκά αυτά σπίτια μέσα στο κάστρο χτίζονταν, λόγω στενότητας χώρου, σε συγκροτήματα διώροφων κατοικιών. Έξω από το κάστρο, τα σπίτια είναι μεμονωμένα και μεγαλύτερα.
Το Κάστρο του Μυλοποτάμου, χτισμένο από τους Βενετούς σε απόκρημνο βράχο στα δυτικά του νησιού, έλεγχε την κίνηση στο Ιόνιο. Στην επιβλητική πύλη του φρουρίου δεσπόζει το λιοντάρι του Αγίου Μάρκου της Βενετίας με τη λατινική επιγραφή «Pax tibi Marco evangelista meus (ειρήνη σοι τω ευαγγελιστή μου Μάρκω) 1565». Μέσα στο κάστρο διατηρούνται πολλές εκκλησίες του 16ου-17ου αιώνα, εξαιρετικής αρχιτεκτονικής, γεμάτες τοιχογραφίες θαυμαστής τέχνης, καθώς και σπίτια που κατοικούνταν μέχρι και τη δεκαετία του 1950. Το κάστρο περικλείει μια αληθινή νεκρόπολη.
Το σπήλαιο της Αγίας Σοφίας Μυλοποτάμουα ποτελεί το μόνο τουριστικά αξιοποιημένο σπήλαιο των Κυθήρων. Βρίσκεται σε μια απόκρημνη περιοχή δυτικά των Κυθήρων, 60 περίπου μέτρα πάνω από τη θάλασσα, σε μικρή απόσταση από το χωριό Μυλοπόταμος και κοντά στην παραλία του Λιμνιώνα. Κάποτε ήταν ιερό των Νυμφών και μετέπειτα λατρευτικός χώρος στα χριστιανικά χρόνια. Το σπήλαιο έχει συνολική έκταση 2.000 τετρ. μέτρα. Οι σταλακτίτες και σταλαγμίτες προσφέρουν θέαμα μοναδικό με τη χρωματική τους ποικιλία, σε αποχρώσεις του κόκκινου, του άσπρου και του μαύρου. Εντός του σπηλαίου βρίσκεται το εκκλησάκι της ομώνυμης Αγίας. Η είσοδός του κοιτάζει προς τα δυτικά με εξαιρετική θέα προς τη θάλασσα. Η πρώτη εξερεύνησή του έγινε το 1930 από τους σπηλαιολόγους Ιωάννη και Άννα Πετροχείλου και στη δεκαετία του ’70 πραγματοποιήθηκαν εργασίες διαμόρφωσης στο εσωτερικό του, προκειμένου να καταστεί επισκέψιμο για το ευρύ κοινό. Η τουριστική διαδρομή έχει μήκος περίπου 220 μ., ενώ αποτελείται από δίκτυο διαδρόμων και θαλάμων συνολικού εμβαδού 2.200 τ.μ. Το σπήλαιο έχει πλουσιότατο σταλαγμιτικό και σταλακτιτικό διάκοσμο, εξαιτίας του οποίου έχουν δοθεί στους θαλάμους διάφορα ονόματα: Λουτρό της Αφροδίτης, αίθουσα του Κεχριμπαριού, των Κυπαρισσιών, των Νυχτερίδων, του Ελάτου, Λίμνη των Κύκνων.
Η χρήση του ως λατρευτικός χώρος ξεκινά ήδη από το τελευταίο τέταρτο του 13ου αιώνα, στον οποίο χρονολογείται τοιχογραφία που κοσμεί τοίχο με κεντρική πύλη αμέσως μετά την είσοδο του σπηλαίου. Όπως μαρτυρεί η σωζόμενη μικρογράμματη επιγραφή, το έργο ανήκει σε ζωγράφο της εποχής με το όνομα Θεόδωρος. Αριστερά της πύλης εικονίζονται με τη σειρά ο Άγιος Παντελεήμονας και η Αγία Σοφία με τις κόρες της Αγάπη, Ελπίδα και Πίστη. Δεξιά ο πολιούχος του νησιού Όσιος Θεόδωρος, η παράσταση της Δέησης με τον Χριστό ένθρονο, πλαισιωμένο από τη Θεοτόκο και τον Ιωάννη τον Πρόδρομο και τέλος ο Όσιος Θεοδόσιος ο κοινοβιάρχης. Στις παραστάδες του τέμπλου εικονίζονται ο Άγιος Νικόλαος και ο Αρχάγγελος Μιχαήλ. Η διατήρηση των τοιχογραφιών είναι πολύ καλή, λόγω των σταθερών συνθηκών θερμοκρασίας, υγρασίας και φωτισμού που επικρατούν στο σπήλαιο. Προχωρώντας προς το εσωτερικό του σπηλαίου υπάρχει το εκκλησάκι της Αγίας Σοφίας, το οποίο κτίστηκε το 1875 και λειτουργείται κάθε χρόνο στις 17 Σεπτεμβρίου. Στην κόγχη του ιερού, πάνω από τον βράχο, εικονιζόταν η Δέηση, από την οποία διατηρείται πολύ φθαρμένη η μορφή της Παναγίας. Απέναντι από το ναΰδριο υπάρχει μικρή φυσική λίμνη, η οποία χρησιμοποιήθηκε επί σειρά ετών ως κολυμπήθρα για παιδιά με προβλήματα υγείας.