Der Tempel der Aphaia thront auf der Spitze eines mit Pinien bewachsenen Hügels im nordöstlichen Teil von Ägina. Es ist das wichtigste erhaltene Denkmal des Heiligtums, das der Gottheit Aphaia geweiht war und an einem Ort errichtet worden zu sein scheint, an dem bereits in mykenischer Zeit kultische Aktivitäten stattfanden. Pausanias (2.30.3-5) erwähnt den Mythos der Aphaia und identifiziert sie mit der kretischen Göttin Britomartis-Dictynna, eine Ansicht, die heute von der Forschung akzeptiert wird. Der Tempel wurde um 500 – 490 v. Chr. erbaut und ist der zweite Porinos, der ungefähr an der gleichen Stelle und mit der gleichen Ausrichtung errichtet wurde. Der früheste dorische Tempel stammt aus der Zeit um 570 – 560 v. Chr. und wurde um 510 v. Chr. durch einen Brand zerstört. Zur Zeit des Wiederaufbaus des neuen Tempels erhielt das Heiligtum seine endgültige monumentale Gestalt. Eine größere Fläche wurde eingeebnet, neue Erhebungen wurden angelegt, das Heiligtum wurde mit einer Steinmauer umgeben und der Eingang erfolgte von einem imposanten Propylon an der Südseite des Geländes aus, während sich außerhalb des Propylons ein Gebäudeansammlung für die Bedürfnisse des Heiligtums befand. Das Heiligtum von Aphaia befand sich lange Zeit in schlechtem Zustand. Die athenische Herrschaft über Ägina ab Mitte des 5. Jahrhunderts v. Chr. hinterließ auch hier ihre Spuren. Nach und nach verfiel das Heiligtum, und im 4. Jahrhundert v. Chr. wurden nur wenige Reparaturen vorgenommen. Das 3. Jahrhundert v. Chr. war eine Zeit des großen Verfalls, und Ende des 2. Jahrhunderts v. Chr. wurde die Anlage aufgegeben.
Der Tempel ist ein dorischer Peripteros mit einer Kolonnade aus 12 Säulen an der Längsseite und 6 Säulen an den Schmalseiten. Die Säulen sind monolithisch mit 20 Kannelierungen, mit Ausnahme von drei auf der Nordseite, die aus Wirbeln bestehen. Er ruht auf einer Plattform mit drei Ebenen, hat ein Prodrom und eine Apsis mit zwei Säulen davor und ein Mittelschiff mit einer zweifarbigen inneren Kolonnade aus fünf Säulen. Der Eingang befand sich an der Ostseite, wo eine schräge Ebene aus gut behauenen Steinen errichtet worden war. Die Säulen, die Wände der Cella und das Gebälk bestehen aus lokalem Tuffstein und sind mit Gips überzogen, während einige Teile der Thrigos auch mit Farbe verziert sind. Das Giebeldach des Tempels war mit Tonziegeln im korinthischen Stil gedeckt und nur die erste Ziegelschicht mit den geblümten Verzierungen an den Ecken bestand aus Marmor. Der obere Abschluss, der von zwei weiblichen Statuen flankiert wird, ist ebenfalls aus Marmor, ebenso wie die vier Sphingen an den Ecken des Daches. Die Skulpturen an den Giebeln und die Kapitelle des Daches sind aus parischem Marmor und waren bemalt. Thema der beiden Giebel sind die mythischen Feldzüge in Troja, bei denen sich ägäische Helden auszeichneten. Der Ostgiebel stellt den früheren Feldzug des Herkules gegen den König von Troja, Laomedon, dar, an dem Telamon, der Sohn des Aiakos, teilnahm. Der westliche Giebel stellt den späteren Feldzug mit Agamemnon gegen Priamos dar, bei dem drei Nachkommen des Aiakos, Ajax, Tefkros und Achilleus, unterschieden wurden. In beiden Kämpfen ist Athene als zentrale Figur jedes Giebels zu sehen. Der westliche Giebel erinnert an den Stil des 6. Jahrhunderts v. Chr., während der östliche Giebel mit seiner größeren Beweglichkeit der Formen und dem Fehlen von Stilisierung auf den Beginn des 5. Jahrhunderts v. Chr. verweist.
Auch nach Aufgabe des Tempels war das Monument beeindruckend auf dem Hügel sichtbar. Die ersten Forschungen wurden 1811 von dem Architekten Ch. R. Cockerell und seinem Freund, dem Baron von Hallerstein, die die Stätte besuchten, durchgeführt. Sie gruben die Giebelskulpturen aus und transportieten sie nach Italien. Von dort gelangten die Ausgrabungen 1828 nach München, wo sie noch heute in der Glyptothek zu sehen sind. Eine systematische Ausgrabung des Monuments wurde 1901 durch das Deutsche Archäologische Institut unter der Leitung von Ad. Furtwangler und H. Thiersch und später, in den Jahren 1964 – 1981, von D. Ohly ausgeführt. In den Jahren 1956 – 1957 wurden die Restaurierungsarbeiten von A. Orlandos und E. Stikas durchgeführt.