Im Jahr 1949 versammelte sich eine Gruppe angesehener Bürger von Piräus zusammen mit Offizieren der Militär- und Handelsmarine, deren gemeinsames Band die Liebe zum Meer und zu Schiffen war, im Büro des damaligen Marineministers Gerasimos Vassiliadis und unterzeichnete den Gründungsakt des Vereins unter dem Namen „Gesellschaft für Marinemuseum und Sammlung von Reliquien der Seerennen der Nation“. Es war die Geburtsstunde des griechischen Marinemuseums.
Seit 1993 organisiert es eine Reihe von Bildungsprogrammen, die sich an Schülergruppen aller Bildungsniveaus richten und auf die erlebnisorientierte Vermittlung unserer maritimen Geschichte und Tradition sowie den kreativen und direkten Kontakt der Schüler mit den Museumssammlungen abzielen. Die Teilnahme an Ausstellungen zum Thema Meer, die kritische Gebiete und Inseln besichtigen, ist ein dynamischer Faktor im kulturellen Leben unseres Landes, der das öffentliche Bewusstsein für Fragen des Schutzes der Meeresumwelt schärft und die maritime Tradition im Ausland durch die Teilnahme an Konferenzen und Seminaren sowie an internationalen Ausstellungen fördert und Programme mit gemeinschaftlichem Charakter, deren Ziel es ist, das gemeinsame kulturelle Erbe der Völker des Mittelmeerraums hervorzuheben. Es hat auch ein umfangreiches Verlagswerk entwickelt, hauptsächlich mit Büchern zu Themen im Zusammenhang mit der griechischen Marinegeschichte und der Veröffentlichung der vierteljährlichen Zeitschrift „Umschiffung in der Marinegeschichte und -tradition“ mit dem Ziel, die wissenschaftliche Forschung zu fördern und das Bewusstsein der Leserschaft für die Bewahrung und Fortführung der maritimen Tradition zu schärfen.
Acht Ausstellungen sind in der Dauerausstellung des Museums enthalten. Zwei Säle, die den Errungenschaften der Marine der Antike gewidmet sind. Die Präsentation erfolgt hauptsächlich anhand von Schiffsmodellen. Ein Raum, in dem der Seemarsch des Hellenismus während der byzantinischen Zeit dargestellt wird. Ein Raum, der der Marine der griechischen Revolution gewidmet ist. In zwei weiteren Räumen kann der Besucher mehr über die Marine von der Gründung des modernen griechischen Staates bis heute erfahren. Außerdem gibt es einen Raum, der die Handelsschifffahrt von 1827 bis heute darstellt, sowie eine Ausstellung über traditionellen Schiffbau und Segelschiffe des 19. und 20. Jahrhunderts.
Im Museumsbereich befindet sich die Kunstsammlung, die größtenteils aus Schenkungen stammt und deren Zweck es ist, die mehrdimensionale Beziehung des griechischen Künstlers zum Meereselement zu demonstrieren. Es zeigt die unterschiedlichen Formen des Meeres, die die Künstler bewegten, und die vielfältigen Möglichkeiten der visuellen Darstellung dieser Formen. Die Sammlung umfasst Gemälde bedeutender griechischer Maler sowie Stiche griechischer und europäischer Künstler aus dem 16. Jahrhundert. Eine kleine Anzahl von Skulpturen ist ebenfalls in der Sammlung enthalten. Darüber hinaus kann der Besucher in einem speziell gestalteten Raum einen Teil der Onassis-Sammlung bewundern. Die Sammlung des bekannten Juweliers umfasst Schiffsmodelle, Miniaturarbeiten, Marineinstrumente, Waffen, Möbel, Gemälde und Stiche aus dem 17. Jahrhundert. Diese Erbstücke schmückten seine berühmte Luxusyacht „Christina“. Der wichtigste und beeindruckendste Teil der Onassis-Sammlung sind die Knochenmodelle von Schiffen, Werke französischer Gefangener der Napoleonischen Kriege.
Die „Athinoula Martinou“-Bibliothek, ein integraler Bestandteil des Museums, ist die spezielle Marinebibliothek, die mit Schenkungen aus persönlichen Sammlungen gegründet wurde und sich hauptsächlich mit Büchern zur Marinegeschichte befasst, die die Entwicklung der Handels- und Marinemarine im Laufe der Jahrhunderte abdecken ein Schwerpunkt auf dem griechischen Raum. Zu den wichtigsten Bereichen des Museums gehört das Archiv. Das Historische Archiv, dessen Zweck darin besteht, historische Ereignisse zu speichern, aufzuzeichnen und zu dokumentieren, deren Mittelpunkt die maritime Geschichte und Tradition der Nation ist. Das Archivmaterial stammt hauptsächlich aus Schenkungen von Nachkommen historischer Familien und Mitgliedern des Museums. Es umfasst mehr als 25.000 Seiten und umfasst die Zeit von der Zeit der griechischen Palingenesis bis zum Ende des 20. Jahrhunderts.
Darüber hinaus das Fotoarchiv mit dem Zweck, Fotomaterial zu sammeln, aufzuzeichnen, zu studieren und zu verwerten, das direkt oder indirekt mit unserer maritimen Geschichte und Tradition verbunden ist. Das Fotomaterial stammt hauptsächlich aus Spenden von Nachkommen von Marinefamilien und umfasst derzeit mehr als 12.000 Originalfotos (Schwarzweiß und Farbe), von denen einige in Fotoalben enthalten sind. Gleichzeitig verfügt das Archiv über mehr als 2.000 Postkarten (Farbe und Schwarzweiß) und verfügt über eine zufriedenstellende Anzahl von Negativen auf Glasplatten (200). Das Material deckt chronologisch die wichtigsten historischen Ereignisse unseres Landes vom Ende des 19. Jahrhunderts bis heute ab.
Das Kartenarchiv mit ca. 700 alten historischen Karten namhafter Kartographen aus dem Zeitraum vom 16. bis 20. Jahrhundert. Es enthält gedruckte Karten berühmter Kartographen und Verleger wie G. Mercator, A. Ortelius, V. M. Coronelli, A. Mallet, O. Dapper, A. Lasor und J. P. de Tournefort. Seit der Gründung des Museums gab es Kartenspenden von privaten Sammlern und Agenturen, beispielsweise zwei große gebundene Sammlungen des 1919 gegründeten Hydrographischen Dienstes. Die Sammlung wurde 1991 und 1992 erheblich erweitert, als eine große Anzahl von Karten erworben wurde bedeutende Kunstgalerien im In- und Ausland und wurde 1998 mit der bedeutenden Schenkung von 220 Karten und Stichen durch die Familie des verstorbenen Admirals Dimitrios Papalexopoulos fertiggestellt. Die Karten sind nach den geografischen Gebieten, die sie darstellen, klassifiziert. Schließlich stehen das Planarchiv und das Audiovisuelle Archiv Besuchern zur Verfügung, die ein umfassenderes Verständnis der Tradition, Geschichte und Entwicklung der Marine erlangen möchten.