Ο πρώτος σταθμός «Ομόνοια» εγκαινιάστηκε στις 17 Μαΐου 1895 και ήταν υπαίθριος ημιυπόγειος σταθμός, τύπου ανοικτού ορύγματος, στη διασταύρωση των οδών Λυκούργου και Αθηνάς. Κατασκευάστηκε ως νέος τερματικός σταθμός προς βορράν της τότε ατμοκίνητης σιδηροδρομικής γραμμής Θησείου – Πειραιά, που τελικώς εξελίχθηκε στο αρχικό τμήμα της μετέπειτα γραμμής 1 του δικτύου μετρό. Η πρώτη της επέκταση από το Θησείο στην Ομόνοια έγινε πραγματικότητα με τη βοήθεια σήραγγας που άρχισε να κατασκευάζεται το 1889 με εκσκαφή και επικάλυψη (μέθοδος cut and cover) και ολοκληρώθηκε, μαζί με την κατασκευή του πρώτου, υπαίθριου σταθμού της Ομόνοιας, τον Μάιο του 1895.
Η θέση του πρώτου σταθμού κρίθηκε ακατάλληλη για την επέκταση του δικτύου της σιδηροδρομικής γραμμής προς τα βόρεια και για τον λόγο αυτόν τον Ιανουάριο του 1928 άρχισε να κατασκευάζεται ένας νέος, εξ ολοκλήρου υπόγειος σταθμός κάτω από την Πλατεία Ομονοίας, 100 μέτρα βορειότερα από τον αρχικό. Ο σταθμός Ομόνοια κάτω από την ομώνυμη πλατεία εγκαινιάστηκε το 1930 και μέχρι το 1948 που εγκαινιάστηκε η επέκταση της γραμμής του ηλεκτρικού προς τον βορρά, η Ομόνοια ήταν ο τερματικός σταθμός στην Αθήνα. Η ταχύτητα με την οποία διαφοροποιούνται οι ανάγκες έχει αλλάξει και τον σταθμό, χωρίς όμως να αλλοιώσει τα αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά του, αφού έχουν κηρυχθεί διατηρητέα.
Η σημερινή μορφή του ανάγεται στο 2003, καθώς εκτελέστηκαν σημαντικές εργασίες αναβάθμισής του ενόψει των Ολυμπιακών Αγώνων της Αθήνας του 2004. Παράλληλα το 2001 ο σταθμός της γραμμής 1 ανακηρύχθηκε διατηρητέο μνημείο και έτσι η ανάπλαση έγινε διατηρώντας την αρχική του αρχιτεκτονική, χωρίς καμία αλλαγή από την αρχική του μορφή. Στο πλαίσιο της δημιουργίας δικτύου μετρό, την περίοδο 1992-2000, κατασκευάστηκαν τα πρώτα τμήματα δύο νέων γραμμών μετρό, της γραμμής 2 και της γραμμής 3.
Ο σταθμός διαθέτει οκτώ σημεία πρόσβασης και εξόδου γύρω από την Πλατεία Ομονοίας. Όλα έχουν κυλιόμενες σκάλες, ενώ υπάρχουν και κάποιοι ανελκυστήρες για ΑΜΕΑ. Ο σταθμός της Ομόνοιας είναι συνδεδεμένος με την πολιτική και κοινωνική ζωή της νεότερης Αθήνας. Βρείτε λίγο χρόνο για να περπατήσετε στον χώρο και να θαυμάσετε τα έργα γνωστών Ελλήνων καλλιτεχνών, όπως οι «Ποδοσφαιριστές» του Παύλου και η «Ουρά» του Νίκου Κεσανλή, τα οποία αποτελούν μέρος μιας «υπόγειας συλλογής τέχνης» που δεν θα ξαναδείτε σε κανένα σύστημα μεταφοράς στον κόσμο.