Σε αυτό το μουσείο φυλάσσεται, σε ασημένια λήκυθο, η ταριχευμένη καρδιά του Θαλασσομάχου και Ναυάρχου Ανδρέα Μιαούλη. Του πρωταγωνιστή ήρωα της Επανάστασης του 1821.
Πέρα από αυτό, διαθέτει και πλούσιο αρχειακό και μουσειακό υλικό, τα οποία αναπτύσσονται στο ισόγειο και στους δύο ορόφους του.
Πιο συγκεκριμένα, στο ισόγειο υπάρχει έκθεση με κειμήλια και ενθυμήματα των Βαλκανικών και Παγκόσμιων πολέμων και μία αρκετά πλούσια βιβλιοθήκη. Στον πρώτο στεγάζεται έκθεση με ενδυμασίες και όπλα, καθώς και η Ιστορική Πινακοθήκη.
Στο δεύτερο πραγματοποιούνται οι εκδηλώσεις και οι προβολές του μουσείου. Έχει επίσης και υπαίθριους χώρους.
Αξίζει να αναφερθεί πως η συμβολή του γιατρού και Δήμαρχου της πόλης της Ύδρας Αντώνιου Λιγνού ήταν εξαιρετικά σημαντική για τον εμπλουτισμό, την ταξινόμηση αλλά και τη συντήρηση του αρχείου.
Το σημερινό κτίριο του μουσείου ανεγέρθηκε το 1972, αντικαθιστώντας το παλαιότερο που είχε δωρίσει στο ελληνικό κράτος ο Υδραίος εφοπλιστής Γκίκας Κουλούρας. Το νέο κτίριο εγκαινιάστηκε πολύ αργότερα, το 1996, και είναι στην ανατολική πλευρά του λιμανιού.
