Η αρχαιολογική και λαογραφική συλλογή του καλύπτει 4.000 χρόνια ιστορίας των Σπετσών.
Εκτίθενται κεραμικά αντικείμενα από την Πρωτοκυκλαδική και την Κλασική Περίοδο, γλυπτά, νομίσματα, βυζαντινές και μεταβυζαντινές εικόνες, καθώς και ενθυμήματα και αντικείμενα από την περίοδο της Επανάστασης του 1821, όπως: όπλα, η σημαία της Επανάστασης, υδατογραφίες πλοίων και ακρόπρωρα.
Σε αυτό το μουσείο φυλάσσονται και τα οστά της ηρωίδας της Επανάστασης Λασκαρίνας Μπουμπουλίνας.
Επίσης, στους χώρους του υπάρχουν πολλές παραδοσιακές ενδυμασίες, αντικείμενα καθημερινής χρήσης, έπιπλα και κεντήματα.
Το Μουσείο Σπετσών στεγάζεται στο αρχοντικό του Χατζηγιάννη-Μέξη, το οποίο πέρασε ως δωρεά στο ελληνικό κράτος. Ανεγέρθηκε στα τέλη του 18ου αιώνα (1795-1798) και αποτελείται από το ισόγειο και δύο ορόφους.
Έχει σχήμα Π και η πρόσοψη του έχει τοξωτές στοές που ελαφραίνουν τον όγκο και την αυστηρότητα του κτίσματος.
