La zone est caractérisée comme un paysage d’une beauté naturelle spéciale et une zone protégée sur une superficie de 171 hectares, un périmètre total de 6,6 km avec une altitude maximale de 400 m et une altitude minimale de 133,0 m. La communauté locale de Mylopotamos comprend 4 localités (Mylopotamos, Kato Chora, Piso Pigadi, Areous). Il s’agit d’un village traditionnel doté d’une riche végétation et de nombreux cours d’eau. Le village de Mylopotamos est situé à une certaine distance de la mer et se compose principalement de maisons agricoles qui, en raison de la forte densité de bâtiments, ont créé un ensemble complexe. Le village a été entouré d’un mur. Les maisons sont morphologiquement homogènes, ce qui donne à l’ensemble une couleur particulière. Ces maisons traditionnelles du château ont été construites en groupes de maisons à deux étages en raison du manque d’espace. À l’extérieur du château, les maisons sont individuelles et plus grandes.
Le château de Mylopotamos, construit par les Vénitiens sur une falaise abrupte à l’ouest de l’île, contrôlait le trafic dans la mer Ionienne. L’imposante porte de la forteresse est dominée par le lion de Saint-Marc de Venise avec l’inscription latine « Pax tibi Marco evangelista meus (Paix à mon évangéliste Marco) 1565 ». À l’intérieur du château se trouvent de nombreuses églises des XVIe et XVIIe siècles, d’une architecture exceptionnelle, pleines de fresques d’un art admirable, et des maisons qui ont été habitées jusque dans les années 1950. Le château renferme une véritable nécropole.
La grotte d’Agia Sophia Mylopotamos est la seule grotte de Cythère à avoir été aménagée pour le tourisme. Elle est située dans une zone escarpée à l’ouest de Cythère, à environ 60 mètres au-dessus de la mer, à une courte distance du village de Mylopotamos et près de la plage de Limniona. Il s’agissait autrefois d’un sanctuaire de Nymphes, puis d’un lieu de culte à l’époque chrétienne. La grotte a une superficie totale de 2.000 mètres carrés. Les stalactites et les stalagmites offrent un spectacle unique par la variété de leurs couleurs, dans les tons rouge, blanc et noir. À l’intérieur de la grotte se trouve la chapelle du saint homonyme. L’entrée est orientée vers l’ouest et offre une excellente vue sur la mer. La première exploration a été réalisée en 1930 par les spéléologues Ioannis et Anna Petrochilou. Dans les années 1970, l’intérieur a été remodelé afin de le rendre accessible au grand public. Le parcours touristique mesure environ 220 m de long et consiste en un réseau de couloirs et de chambres d’une superficie totale de 2.200 m². La grotte présente une riche décoration de stalagmites et de stalactites, qui a donné aux salles plusieurs noms : Bain d’Aphrodite, Chambre d’Ambre, Chambre de Cyprès, Chambre de Chauve-souris, Chambre de Sapin, Lac des Cygnes.
L’utilisation de la grotte comme lieu de culte remonte au dernier quart du XIIIe siècle, comme en témoigne une fresque ornant un mur avec une porte centrale située immédiatement après l’entrée de la grotte. Comme l’atteste l’inscription miniature qui subsiste, l’œuvre appartient à un peintre de l’époque nommé Theodoros. À gauche de la porte sont représentés tour à tour Agios Panteleimonas et Agia Sophia avec ses filles Agapi, Elpida et Pistis (amour, espoir et foi en francais). À droite, le saint patron de l’île, Osios Theodoros, la représentation de la Déisisavec le Christ en gloire, entre la Vierge Marie et saint Jean Baptiste, et enfin Osios Theodosios Koinoviarchis. L’iconostase représente Agios Nikolas et l’archange Michel. La conservation des fresques est très bonne, grâce aux conditions stables de température, d’humidité et de lumière qui règnent dans la grotte. À l’intérieur de la grotte se trouve la chapelle d’Agia Sophia, construite en 1875, où une liturgie est organisée chaque année le 17 septembre. Dans la niche du sanctuaire, au-dessus du rocher, a été représentée la Déisis, dont est conservée la figure de la Vierge Marie, très usée. En face du temple se trouve un petit lac naturel, qui a été utilisé pendant de nombreuses années comme baptistère pour les enfants souffrant de problèmes de santé.