Le complexe du monastère de Myrtidia se compose de :
a) le Katholikon au centre, qui appartient au type de la basilique à trois nefs avec une nef surélevée, un narthex et une galerie (nef des femmes), au niveau inférieur de laquelle se trouve l’église originale de la Vierge Marie,
b) Les cellules aménagées au nord et au sud du Katholikon, qui accueillent principalement les croyants pour le jeûne des 15 premiers jours du mois d’août.
c) Le clocher au nord-est du Katholikon, en pierre calcaire, d’une hauteur totale de 26 mètres, avec des formations arquées impressionnantes sur les façades des quatre étages,
d) Nef de la Sainte-Trinité, d’une seule pièce, à toit arqué, d’époque post-byzantine.
L’église originale de la Vierge Marie a été adaptée à la configuration naturelle d’une ouverture rocheuse dans laquelle il y a une niche peu profonde au nord pour accueillir l’icône de la Vierge Marie (Panagia) Myrtidiotissa, un endroit qui rappelle sa découverte. Pendant les années de raids pirates, l’icône était conservée dans la forteresse de la ville de Cythère, dans l’église homonyme, pour des raisons de sécurité. La principale coutume religieuse des Cythéréens est la procession du dimanche de l’orthodoxie de Myrtidia à Chora. La procession de l’icône dure 15 jours, passant par la plupart des villages de l’île et se terminant à Chora. De nombreux croyants suivent l’icône au cours de sa procession pendant les 15 jours ! La Panagia Myrtidiotissa est célébrée le 24 septembre, date de la découverte de l’icône.