Κατοικήθηκε από τους προϊστορικούς χρόνους και τον 6ο αιώνα π.Χ. λειτουργούσε ως διοικητικό και οικονομικό κέντρο της πόλης. Μάλιστα από την τελευταία ιδιότητα του χώρου προέκυψε και ο χαρακτηρισμός Αγορά. Όρος που χρησιμοποιείται ακόμα και σήμερα για να περιγράψει μέρη, στον υλικό κόσμο ή στο διαδίκτυο, στα οποία γίνονται συναλλαγές.

Στην Αρχαία Αγορά εκτυλισσόταν κάθε κοινωνική δραστηριότητα. Εκεί υπήρχαν τα περισσότερα δημόσια κτίρια, όπως οι ναοί, το ωδείο και η βιβλιοθήκη. Τα ερείπια που διασώζονται μέχρι και σήμερα δίνουν μια πολύ καλή εικόνα της Αρχαίας Αγοράς. Είναι ό,τι απέμεινε από πολλές καταστροφές και λεηλασίες: το 480 π.Χ. από τους Πέρσες, το 267 μ.Χ. από τους Ερούλους και το 86 π.Χ. από τους Ρωμαίους.

Από τον 6ο αιώνα και μετά ο χώρος εγκαταλείφθηκε. Τα αρχαία κτίρια θάφτηκαν κάτω από χώμα και κτίστηκαν από πάνω τους σπίτια και εκκλησίες. Οι εκτεταμένες ανασκαφές του 19ου και 20ου αιώνα έφεραν πάλι στο φως τα σημερινά εκθέματα.