Για να ανεγερθεί το νέο, λιτό κτίριο της Αρχαιολογικής Εταιρείας στη συμβολή των οδών Πανεπιστημίου και Ομήρου το 1958, γκρεμίστηκε το προϋπάρχον νεοκλασικό των αρχών του 20ου αιώνα (σε σχέδια του Ιωάννη Αξελού) αφού κρίθηκε πως δεν επαρκούσε για τις ανάγκες της.

Όμως, ενώ τα αρχικά σχέδια του αρχιτέκτονα Ιωάννη Αντωνιάδη προέβλεπαν ένα αυστηρό, αλλά με κλασικές γραμμές κτίριο, οι υπεύθυνοι της Αρχαιολογικής Εταιρείας παρενέβησαν στο έργο, μεσούσης μάλιστα της διαδικασίας ανέγερσής του, και κατά κάποιο τρόπο επέβαλαν προσθήκες που αλλοίωσαν σε μεγάλο βαθμό την αρχική ιδέα του αρχιτέκτονα η οποία περιελάμβανε παραστάδες με επίκρανα, γεισίποδες και άλλα αρχαιοπρεπή στοιχεία.