Οι μελετητές της βυζαντινής ιστορίας της πόλης πιστεύουν πως όταν κτίστηκε, στα μέσα του 11ου αιώνα, ήταν αφιερωμένος στον Άγιο Θεόδωρο. Αυτή η θεωρία υποστηρίζεται κι από μια αφιερωματική επιγραφή σε ένα τμήμα του μαρμάρινου κίονα που στηρίζει την Αγία Τράπεζα. Αυτή η «απόδειξη» σώζεται μέχρι σήμερα αν και παραμορφωμένη.

Ο ναός γενικά είναι ο παλιός ενοριακός ναός της συνοικίας Αλίκοκου της Πλάκας, απέναντι από το Χορηγικό Μνημείο του Λυσικράτους. Τετρακίονος σταυροειδής εγγεγραμμένος με τρούλο. Τις τοιχογραφίες στο εσωτερικό του φιλοτέχνησε κατά την τελευταία δεκαετία του 19ου αιώνα ο αγιογράφος Γ.Δ. Καφετζιδάκης.