Το πρώτο μουσείο που ιδρύθηκε στο ελεύθερο ελληνικό κράτος, το 1828. Μέχρι και το 1982 στεγαζόταν στο Εϋνάρδειο Διδασκαλείο. Σήμερα βρίσκεται δίπλα στον Αρχαιολογικό Χώρο της Κολώνας.
Διαθέτει τρεις αίθουσες με εκθέματα ιστορικής αξίας, από όλες τις περιόδους της μακρόχρονης ιστορίας του νησιού, δηλαδή από τη Νεολιθική Περίοδο έως και τους Ρωμαϊκούς Χρόνους.
Εκείνα όμως που ξεχωρίζουν και προκαλούν περισσότερο το ενδιαφέρον είναι: η αναπαράσταση διώροφης πρωτοελλαδικής κατοικίας με χυτήριο χαλκού, η κεραμική, η τοπική πλαστική της αρχαϊκής περιόδου (7ος – 5ος αιώνας π.Χ.), οι επιγραφές, καθώς και τα θραύσματα των αετωμάτων των δύο αρχαϊκών Ναών του Απόλλωνα και της Αφαίας.
Μάλιστα, σε μία από τις αίθουσες του εκτίθεται ξεχωριστά ένα μέρος της Καποδιστριακής Συλλογής Ανάγλυφων, τα οποία προέρχονται κυρίως από τη Ρήνεια.
