L’université d’Athènes a été inaugurée le 3 mai 1837 et était installée dans un bâtiment ottoman rénové sur le côté nord-est de l’Acropole, qui a aujourd’hui été rénové et fait office de musée universitaire. Elle s’appelait à l’origine « Université d’Othon », d’après le nom du premier roi de Grèce, Othon, et comprenait 4 départements académiques avec 52 étudiants. Comme il s’agissait de la première université de l’État grec nouvellement créé, mais aussi de la région des Balkans et de la Méditerranée, elle a acquis un rôle socio-historique important, qui a été décisif pour la production de connaissances et de cultures spécifiques dans le pays.
En 1841, les services administratifs et les départements d’enseignement ont été transférés dans ce qui est aujourd’hui largement connu comme le “bâtiment central” de l’université d’Athènes. Jusqu’en 1925-1926, l’université d’Athènes était la seuleuniversité de Grèce. En 1932, l’université a été officiellement nommée université nationale et capodistrienne d’Athènes, en l’honneur de Ioannis Kapodistrias, le premier gouverneur de Grèce après la libération du pays. Sa cour (le propylées) a acquis une valeur socio-historique, car elle est devenue un lieu de rassemblements politiques, de protestations sociales et de manifestations d’étudiants et d’autres groupes sociaux impliqués dans des mouvements de défense des droits sociaux. La plupart de ses installations se trouvent aujourd’hui sur le campus de Zografou.