Ce quartier, qui ressemble à une île des Cyclades, a été créé au milieu du XIXe siècle, lorsque des ouvriers d’Anafi, venus à Athènes pour travailler comme maçons à la reconstruction de la ville et à la construction des palais d’Otto, se sont installés dans la région.
Ils vivaient à l’origine dans le quartier de Zoodochos Pigi, dans la rue Akademias, où l’État leur avait attribué quelques petits terrains pour qu’ils s’y installent définitivement en tant que famille. Cependant, les prix des terrains et des maisons sont rapidement devenus trop élevés et, comme ces travailleurs n’avaient pas l’intention de déménager loin, ils ont décidé de s’installer illégalement sur le rocher sacré.
Un charpentier (G. Damigos) et un maçon (M. Sigalas) d’Anafi sont mentionnés comme les premiers colons. Ils transportèrent les matériaux de construction jusqu’au rocher dans le secret exigé par les circonstances et, en une seule nuit, par un travail collectif, ils érigèrent les deux premières maisons du quartier. Quelques jours plus tard, des Athéniens de Rizokastro remarquèrent les constructions arbitraires et appelèrent le département de l’urbanisme, mais jusqu’à ce que le responsable soit identifié et que l’exemple de ces deux personnes soit dûment suivi, d’autres Anafiotes firent de même et les maisons se multiplièrent, sans que les autorités ne prennent de mesures drastiques. La plupart des maisons anafiotiques ont été construites principalement pendant la période d’expulsion d’Otto et l’interrègne. Le quartier a été construit selon l’architecture des Cyclades. Les Anafiotes ont restauré, en même temps que leur village, les deux églises qui se trouvaient dans la région depuis le XVIIe siècle, l’église d’Agios Simeon et celle d’Agios Georgios des Rochers.