Η ιστορία της Σχολής Εμπορικού Ναυτικού της Ύδρας αρχίζει το 1749, όταν στον περίβολο του ναού του Αγίου Βασιλείου ιδρύθηκε το ομώνυμο σχολείο και το οποίο, το 1800 με απόφαση των προκρίτων, μετατράπηκε στην «Ναυτική της Ύδρας Σχολή». Το νησί οφείλει πολλά στη σχολή που εκπαίδευε τους ναυτικούς που μεγαλούργησαν στην περίοδο του αγώνα της Ανεξαρτησίας.

Απ’ εδώ πέρασαν σημαντικοί δάσκαλοι, Ιταλοί και Πορτογάλοι που δίδασκαν όχι μόνο τη ναυτική τέχνη και θεωρία αλλά και ξένες γλώσσες. Ένας μάλιστα απ’ αυτούς, ο Σικελός Φελίτσε Καζέρτα αγάπησε τόσο πολύ τον τόπο που συμμετείχε στο πλήρωμα υδραίικου πλοίου κατά τον αγώνα της ανεξαρτησίας. Η λειτουργία της σχολής συνεχίστηκε και μετά την επανάσταση.

Από το 1930 είναι δημόσια και στεγάζεται σε κτίριο του τέλους του 18ου αιώνα, ιδιοκτήτες του οποίου ήταν οι Αθανάσιος Κουλούρας και Αναστάσιος Τσαμαδός.