Σε μικρή απόσταση από το Μητροπολιτικό ναό της Αίγινας βρίσκεται το κτίριο που είναι γνωστό ως Κυβερνείο. Την περίοδο που η Αίγινα ήταν πρωτεύουσα της Ελλάδας το κτίριο αυτό στέγασε τον πρώτο Κυβερνήτη, Ιωάννη Καποδίστρια και τις κυβερνητικές υπηρεσίες του νεαρού κράτους.

Πρόκειται για ένα πέτρινο κτίριο με δύο ορόφους και ξύλινη κεραμοσκεπή. Η διοίκηση και οι κυβερνητικές υπηρεσίες βρίσκονταν στο ισόγειο, ενώ ο όροφος αποτελούσε την κατοικία  και το γραφείο του Κυβερνήτη.

Όταν η πρωτεύουσα μεταφέρθηκε το κτίριο γνώρισε διάφορες χρήσεις: κατοικία του επισκόπου, Δημοτικό σχολείο, Αρχαιολογικό Μουσείο, Γυμνάσιο, Διοικητήριο κατά τη Γερμανική κατοχή μέχρι που το 1981 αποφασίστηκε να στεγάσει το Ιστορικό Αρχείο της Αίγινας.