Το όνομα του ναού οφείλεται μάλλον στον αρχικό κάτοχό της, ο οποίος σύμφωνα με τις παραδόσεις ήταν εισπράκτορας του καπνικού φόρου στην πόλη. Υπάρχει όμως και η εκδοχή να αποτελεί διαφορετική απόδοση του τοπωνύμιου Καμουχαρέα. Ένα παλιότερο όνομα που οφείλεται στα εργαστήρια μεταξωτών υφασμάτων της περιοχής.

Σήμερα, ο βυζαντινός ναός της Καπνικαρέας είναι από τα πλέον χαρακτηριστικά σημεία του βυζαντινού παρελθόντος της Αθήνας.

Βρίσκεται στη μέση της Οδού Ερμού, χρονολογείται από τον 11ο περίπου αιώνα και είναι αφιερωμένος στα Εισόδια της Θεοτόκου. Πιθανολογείται πως ανεγέρθηκε στη θέση παλαιότερου χριστιανικού ναού που τον έκτισε η Αθηναία Αυτοκράτειρα του Βυζαντίου Ευδοκία τον 5ο αιώνα μ.Χ., πάνω στα θεμέλια του αρχαίου ναού της Αθηνάς ή της Δήμητρας. Ο αρχιτεκτονικός ρυθμός του ναού είναι σύνθετος τετρακιόνιος, σταυροειδής εγγεγραμμένος.

Στις αρχές του 20ου αιώνα προστέθηκε στη βόρεια πλευρά του το παρεκκλήσι της Αγίας Βαρβάρας.Και, επίσης, πολλές από τις αγιογραφίες στο εσωτερικού του δημιουργήθηκαν από τον περίφημο Φώτη Κόντογλου. Πλέον ανήκει στο Πανεπιστήμιο Αθηνών.